Traduction de la documentation en français réalisée par les étudiants en traduction du Master MTLC2M du CFTTR (Centre de Formation en Traduction, Terminologie et Rédaction) de l’Université de Rennes 2) promotion 2014-2015 : Benjamin RUPPIN, François BREMOND, Daniel AFEWERK, Klemens AGUSTSSON, Brice BARDEAU, Sohail DANIEL, Lucie DUBREUCQ, Clément DUBREUIL, Pauline GAUTHIER, Klervia LE GUENNEC, Marlène PICARD, Maele PIGEARD, Amélie WADOUX, Anissa ZERROUKI-RECROIX, supervisés par Gaëlle PHUEZ-FAVRIS.

Manuel utilisateur DOCEAR Nous avons écrit ce manuel pour que vous puissiez démarrer en douceur avec Docear. Il est détaillé, long et prend du temps à lire mais si vous prenez le temps de le parcourir, vous saurez maîtriser l'un des outils les plus puissants pour gérer vos recherches universitaires. Allez, c'est parti !

Table des matières Manuel utilisateur ........................................................................................................................................ 1 Pour se faire une idée .................................................................................................................................... 4 Pré-requis ........................................................................................................................................................... 6 Système d'exploitation ............................................................................................................................. 6 Java 1.5 (ou version ultérieure) ............................................................................................................ 6 Téléchargement de Docear .......................................................................................................................... 6 Installation de Docear .................................................................................................................................... 7 Première utilisation ........................................................................................................................................ 7 Paramètres initiaux.................................................................................................................................... 7 Sélection d'un éditeur PDF ................................................................................................................... 10 Composants principaux......................................................................................................................... 11 Organisation de votre documentation ................................................................................................. 13 Création de catégories ........................................................................................................................... 13 Importation de PDF et d’annotations............................................................................................... 14 Tri des PDF et des annotations ........................................................................................................... 15 Fonctionnalités PDF et annotations ................................................................................................. 16 Ouverture d'un PDF (fonctionnalité Jump-to-page (Aller à la page)) ............................ 16 Modification des annotations ......................................................................................................... 17 Enregistrement de nouveaux PDF et création d’annotations................................................. 18 Gestion des références ........................................................................................................................... 19 Création automatique de références ........................................................................................... 19 Gestion manuelle de références .................................................................................................... 20 Association de nœuds et références ............................................................................................ 21 Préparation d'articles, de devoirs, de thèses, de livres.................................................................. 23 Le processus de base .............................................................................................................................. 23

Fonctionnalités de carte heuristique ............................................................................................... 24 Liens ......................................................................................................................................................... 24 Cloud (Nuage)....................................................................................................................................... 26 Mise en forme ....................................................................................................................................... 26 Numérotation automatique ............................................................................................................ 27 Notes ........................................................................................................................................................ 28 Attributs.................................................................................................................................................. 28 Images ..................................................................................................................................................... 29 Formules................................................................................................................................................. 30 Icônes ....................................................................................................................................................... 31 Nœuds récapitulatifs ......................................................................................................................... 31 Nœuds libres/flottants ..................................................................................................................... 31 Rédaction d’articles, de devoirs, de thèses, de livres...................................................................... 32 Export de cartes heuristiques ............................................................................................................. 32 Avec Microsoft Word .............................................................................................................................. 33 Avec OpenOffice ou LibreOffice.......................................................................................................... 37 Avec LaTeX ................................................................................................................................................. 37 Recherche et tri dans vos références, PDF, etc. ................................................................................ 37 Découverte de nouveaux documents .................................................................................................... 39 Amélioration de la productivité .............................................................................................................. 40 Raccourcis clavier .................................................................................................................................... 40 Personnalisation des raccourcis ................................................................................................... 40 Apprentissage des raccourcis existants (en info-bulle) ....................................................... 41 Liste des principaux raccourcis clavier ...................................................................................... 41 Spécificités Windows ......................................................................................................................... 42 Navigation dans les cartes heuristiques ......................................................................................... 42 Déplacement de la carte ................................................................................................................... 42 Zoom ........................................................................................................................................................ 42 Navigation entre les nœuds ............................................................................................................ 43 Pliage et développement des nœuds ........................................................................................... 43 Passage du premier au dernier nœud frère .............................................................................. 44 Modification des nœuds ................................................................................................................... 44 Déplacement des nœuds .................................................................................................................. 46 Sélection de plusieurs nœuds à la fois ............................................................................................. 47 Agrandissement de l'espace de travail ............................................................................................ 47 Utilisation d'un écran large .................................................................................................................. 47 Travail avec plusieurs cartes heuristiques .................................................................................... 49 Travail sur plusieurs sessions de Docear en même temps ...................................................... 49

Détection de nouveaux fichiers dans plusieurs dossiers ......................................................... 50 Création de vos propres nœuds de surveillance et de vos propres cartes heuristiques ......................................................................................................................................................................... 50 Configuration des nœuds entrants ................................................................................................... 52 Dossiers de surveillance de nouveaux fichiers ........................................................................ 52 Cartes heuristiques à consulter ..................................................................................................... 52 Surveillance automatique ................................................................................................................ 53 Exclusion de sous-dossiers de la surveillance ......................................................................... 53 Liste de nouveaux fichiers dans « nœud entrant » ................................................................ 53 Aplatissement des dossiers de surveillance ............................................................................. 53 Valeurs de paramètres valides ...................................................................................................... 53 Modification du type de fichiers surveillés ............................................................................... 54 Suppression des sauts de ligne et des espaces dans les annotations importées ............ 54 Utilisation des attributs pour classer et regrouper votre documentation ........................ 54 Importation des références depuis le Web (par exemple PubMed, ACM, Elsevier, ...) . 55 Agrandissement de l’espace de travail (importation de fichiers et de dossiers) ............ 55 Importation de certains types d'annotations uniquement ................................................. 55 Suppression des annotations des cartes heuristiques sans suppression dans les PDF .................................................................................................................................................................... 56 Services en ligne de Docear ...................................................................................................................... 56 Sauvegarde et versions .......................................................................................................................... 56 Synchronisation entre ordinateurs................................................................................................... 57 Confidentialité des données ................................................................................................................ 59 Docear Web ................................................................................................................................................ 59 Docear Mobile ................................................................................................................................................ 59 Éditeurs PDF ................................................................................................................................................... 60 Présentation............................................................................................................................................... 60 PDF-XChange Viewer ............................................................................................................................. 62 Adobe Reader (Windows et MacOS) ................................................................................................ 63 Adobe Reader (Linux) ............................................................................................................................ 64 Adobe Acrobat .......................................................................................................................................... 64 Mendeley ..................................................................................................................................................... 66 La visionneuse PDF Foxit ...................................................................................................................... 66 Okular ........................................................................................................................................................... 66 Aperçu (Mac OS)....................................................................................................................................... 67 Skim............................................................................................................................................................... 67 Lecteurs PDF pour Android ................................................................................................................. 67 Ajustements mineurs et résolution des problèmes ........................................................................ 67

Répertoire utilisateur............................................................................................................................. 68 Fichiers journaux ..................................................................................................................................... 69 Suppression de paramètres ................................................................................................................. 69 Options de récupération des données ............................................................................................. 69 Modification du chemin des paramètres/Rendre Docear portable ..................................... 70 Déplacement (replacement) d’un projet ........................................................................................ 70 Fichiers de configuration de Docear ................................................................................................ 72 L'espace de travail .............................................................................................................................. 73 Les cartes heuristiques ..................................................................................................................... 74

Pour se faire une idée Nous avons créé une vidéo teaser qui explique en 6:30 min ce que Docear peut faire. Nous vous recommandons vivement de la regarder car elle donne une bonne idée des principes de Docear. Si vous avez déjà regardé la vidéo, rendez-vous au prochain chapitre. Si vous ne souhaitez pas ou ne pouvez pas regarder la vidéo, continuez à lire.

Les éléments centraux de Docear sont les annotations, c’est-à-dire les commentaires, le texte surligné et les marque-pages que vous créez dans les fichiers PDF. Ce qui veut dire qu'après avoir téléchargé un PDF dans le cadre de vos recherches, vous pouvez le lire avec votre visionneuse PDF préférée et annoter tout ce que vous considérez comme important et que vous pourriez vouloir consulter ou citer plus tard.

Annotations créées avec votre éditeur PDF préféré

Docear importe vos PDF et annotations. Vous pouvez créer des catégories correspondant à vos intérêts de recherche, puis ranger vos PDF et annotations dans ces catégories. Si vous voulez rechercher une information, vous pouvez cliquer sur l'annotation et le PDF s'ouvre à la page où vous avez créé l'annotation. Ce concept est en fait unique et diffère de ce que les autres logiciels proposent. Pour en apprendre davantage sur la spécificité de Docear, cliquez ici... (lien en anglais).

Catégories de recherche créées par un utilisateur avec les PDF et annotations qui s'y trouvent

L'étape suivante consiste à commencer à rédiger votre propre article, devoir, thèse ou livre. Pour démarrer, créez une carte heuristique et commencez à travailler. Vous

pouvez copier tous les PDF et les annotations dont vous avez besoin à partir d'une carte heuristique de recherche précédemment créée.

Enfin, vous exportez votre brouillon et procédez aux dernières modifications dans Microsoft Word ou Libre/OpenOffice. À ce stade, vous devriez avoir compris les bases de Docear. Dans les sections suivantes, nous réexpliquons tout plus en détail.

Pré-requis Pour pouvoir utiliser Docear, vous devez respecter les prérequis suivants.

Système d'exploitation Docear fonctionne sous Windows (XP, Vista, 7, 8, ou version ultérieure), Linux ou Mac OS (10.5 ou version ultérieure).

Java 1.5 (ou version ultérieure) Java est le langage de programmation dans lequel Docear (et bien d'autres programmes) est écrit. Pour pouvoir exécuter un logiciel écrit en Java, vous devez installer gratuitement Java Runtime Environment (Java JRE). Java est probablement déjà installé sur votre machine. Si ce n’est pas le cas et si Docear ne démarre pas, rendez-vous sur http://java.com/fr/ si vous utilisez Linux ou Windows. Les utilisateurs de MacOS 10.6 doivent télécharger Java ici, ceux de Mac OS 10.5 ici et ceux de Mac OS 10.7 ici.

Téléchargement de Docear

Vous trouverez toujours la dernière version stable du logiciel à la page http://www.docear.org/software/download/(lien en anglais). Si vous êtes curieux et que vous souhaitez accéder à la toute dernière version avec les nouvelles fonctionnalités, essayez nos versions expérimentales (lien en anglais).

Installation de Docear L'installation devrait être toute simple.   

Windows : double-cliquez sur le fichier docear.exe et suivez les instructions à l'écran. MacOS : démarrez le fichier .dmg. Linux : Vous devriez pouvoir vous débrouiller seul ;-)

Première utilisation Paramètres initiaux Lorsque vous démarrez Docear pour la première fois, vous devez choisir si vous souhaitez créer un compte, vous connecter ou utiliser Docear en tant qu'utilisateur local. Nous vous recommandons vivement de vous créer un compte, car cela vous permettra de bénéficier de nombreux avantages gratuits tels que des recommandations de lecture, la récupération de métadonnées et la sauvegarde de vos données. Cependant, la création d'un compte requiert que vous nous fournissiez votre adresse électronique. Dans certaines circonstances (lien en anglais) (par exemple si vous activez les recommandations de lecture), Docear analyse statistiquement vos cartes heuristiques. Si vous ne voulez pas que vos données soient analysées, utilisez Docear en tant qu’utilisateur local.

L'étape qui suit consiste à décider où vous souhaitez enregistrer vos données. Si tout cela est nouveau pour vous et que vous ne disposez pas encore de documents PDF, vous pouvez partir de zéro : déterminez un nom de projet (par exemple « Cours ABC », « Mon mémoire », « Livre XYZ », etc.) et un répertoire de projet. Le répertoire du projet est le répertoire qui doit contenir toutes vos données, y compris les PDF, les images, les feuilles Excel, etc. Un répertoire de projet approprié pourrait par exemple être « C:\Université\ », ou « Mes Documents\Travail\ » ou « Dropbox\Doctorat\ », etc.

Si vous disposez déjà de données sur votre disque dur que vous voulez utiliser avec Docear, vous devez sélectionner le deuxième bouton radio. Ceci vous permet de choisir un nom de projet, le répertoire de projet et le ou les répertoires dans lesquels enregistrer vos fichiers PDF et BibTeX. Nous vous recommandons vivement d’enregistrer vos fichiers PDF et BibTeX dans un sous-dossier du répertoire du projet. Par exemple, si le répertoire du projet est c:\travail\, un bon endroit où enregistrer vos PDF serait c:\travail\recherche\ ou c:\travail\pdf\ mais pas c:\temp\recherche\car ceci n’est pas un sous-dossier de c:\travail. Si vous le souhaitez, vous pouvez également choisir un répertoire dans votre Dropbox. Le chemin doit ressembler à celui-ci : c:\Utilisateurs\\Dropbox\Université\ (vous ne devriez pas utiliser toute la Dropbox comme répertoire du projet). Si vous avez utilisé un autre gestionnaire de références, apprenez à utiliser Zotero et Docear ou Mendeley et Docear simultanément, ou comment migrer de Mendeley vers Docear (liens en anglais).

Sélection d'un éditeur PDF Docear vous demandera quel éditeur PDF vous voulez utiliser avec Docear. Pour profiter du plein potentiel de Docear, il est très important de sélectionner un lecteur PDF compatible avec Docear. Sinon, vous ne pourrez, ni consulter directement les annotations sur la bonne page, ni importer des annotations. Nous recommandons vivement PDF-XChange Viewer car c'est le seul éditeur PDF (gratuit) qui propose toutes les fonctionnalités que Docear requiert. Cependant, prenez soin de télécharger PDF-XChange Viewer, mais pas la version Editor. Cliquez ici (lien en anglais) pour une liste complète des visionneuses PDF compatibles.

Composants principaux L’affichage de Docear doit ressembler à l’illustration ci-dessous. 1. Le menu contient plusieurs rubans, qui proposent chacun diverses fonctions. Nous vous conseillons de vous familiariser rapidement avec les rubans pour vous faire une idée des différentes fonctions. 2. Le panneau de l'espace de travail est votre « tour de contrôle ». Il répertorie tous vos projets (à présent, vous ne devriez en avoir qu'un seul). Consultez la FAQ (lien en anglais) pour plus d'informations sur les projets. Chaque projet contient les éléments suivants : o Le dossier Library (Bibliothèque), qui contient vos données les plus importantes : les cartes heuristiques dans lesquelles vous organisez votre documentation. o Le dossier My Drafts (Mes brouillons) dans lequel les brouillons sont conservés. o Le dossier Literature Repository (Ressources documentaires) qui contient les PDF. o Le dossier References (la base de données de référence), qui contient les données bibliographiques de vos PDF et autres documents. o Le dossier My files (Mes fichiers) qui donne accès à tous les dossiers et fichiers du répertoire du projet. 3. Le panneau des références répertorie toutes vos références dans un tableau. Il est semblable à d'autres gestionnaires de références « classiques ». 4. La fenêtre de la carte heuristique est votre principal espace de travail. Cette fenêtre vous permet d’organiser votre documentation de faire des brouillons d’articles et de recevoir des recommandations. 5. Le panneau des commentaires vous permet de créer des commentaires supplémentaires. Il est caché par défaut. Pour l'afficher, cliquez sur le menu View (Affichage) -> Elements (Éléments) -> Show note panel (Afficher l'éditeur de commentaires).

Pour agrandir votre espace de travail, vous pouvez cacher et redimensionner tous les composants. Cliquez simplement sur les petits triangles pour cacher un composant. Vous pouvez également appuyer sur la touche Tab de votre clavier pour cacher tous les composants. Si vous double-cliquez sur un ruban, cela cachera tous les menus du ruban, mais pas le ruban.

Finissons par un peu de terminologie… Vous allez travailler avec des cartes heuristiques. Les cartes heuristiques sont composées de « nœuds ». Chaque nœud peut contenir du texte, des images, des formules, etc. Dans l’illustration ci-dessous, les éléments A, B, C et D sont des nœuds (tous les autres éléments visibles sont également des nœuds). A est le nœud racine de la carte heuristique. B est le nœud enfant de A. C’est le nœud enfant de B. Autrement dit : B est le parent de C, et A est le parent de B. Les nœuds C et D sont des nœuds frères. Lors de l'importation dans Docear de documents PDF ou d'annotations, ceux-ci apparaissent également comme des nœuds. Ces nœuds sont différents des nœuds « normaux » par le seul fait qu'ils disposent d'un lien supplémentaire vers le PDF ou l'annotation.

Voilà, vous êtes prêt à utiliser Docear !

Organisation de votre documentation Création de catégories Vous pouvez organiser votre documentation dans la carte heuristique nommée Literature & Annotations (Documentation et annotations). Dans le panneau de l'espace de travail, double-cliquez sur la carte pour l'ouvrir. Créez quelques catégories qui correspondent à vos sujets de recherche (créez-en seulement quelques-uns, ne cherchez pas la perfection). Pour créer une catégorie, cliquez sur un nœud existant, puis :   

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Pour écraser le nœud existant, commencez à taper sur le clavier. Pour créer un nœud enfant, cliquez sur New child (Ajouter un enfant) dans le menu, ou appuyez sur la touche Inser du clavier. Pour créer un nœud frère au même niveau que le nœud actuellement sélectionné, cliquez sur New sibling (Ajouter un frère) ou appuyez sur la touche Entrée du clavier. Pour modifier un nœud en ligne, cliquez sur Edit (in-line) (Modifier (en-ligne)), double-cliquez sur le nœud, ou appuyez sur la touche F2. Pour supprimer un nœud, appuyez sur la touche Suppr du clavier.

Importation de PDF et d’annotations Il est temps d’intégrer vos PDF et annotations à Docear. Assurez-vous que le nœud racine est sélectionné, puis, dans le menu, sélectionnez Re-read monitoring folder (Relire le dossier de contrôle), ou cliquez sur l'icône de rafraîchissement du nœud racine. Cette fonction importe tous les PDF et annotations enregistrés dans votre dossier de ressources documentaires qui ne se trouvent pas encore dans les cartes heuristiques de la bibliothèque. Cela veut dire que dès que vous enregistrez un nouveau document PDF sur votre disque dur (dans le dossier Literature Repository (Ressources documentaires)) ou lorsque vous créez une nouvelle annotation dans un document PDF existant, Docear vérifie si ce PDF ou cette annotation fait déjà partie de votre carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations) (ou dans toute carte heuristique de votre bibliothèque). I ce n’est pas déjà le cas, le PDF ou l'annotation sont ajoutés à votre nœud « Incoming » (Nouveau) dans la carte heuristique Literature & Annotations .

Tri des PDF et des annotations Lors de l’étape suivante vous déplacez vos documents PDF et annotations dans les catégories : sélectionnez un document PDF ou annotation que vous souhaitez déplacer, coupez-le (Ctrl + X) ou copiez-le (Ctrl + C), sélectionnez un nouveau nœud et collez votre nœud (Ctrl+ V) en tant que nœud enfant. Pour conserver l'aperçu, cliquez sur la petite « bulle » à la fin du nœud, pour la plier ou la développer. Rappelez-vous que Docear ne sert pas uniquement à déplacer les PDF. Vous pouvez également déplacer des annotations simples vers n'importe quelle catégorie.

Outre l’utilisation des fonctions du menu ou des raccourcis clavier, vous pouvez également déplacer les nœuds en les faisant glisser. Cliquez sur un nœud, maintenez le bouton de la souris enfoncé, puis déplacez le nœud sélectionné vers l’emplacement de votre choix. Selon l'endroit où vous relâchez le bouton de la souris, le nœud s'ajoute en tant que nœud frère ou nœud enfant. Si vous relâchez le bouton de la souris au-dessus d'un nœud, le nœud déplacé est ajouté en tant que frère (partie gauche de la copie d'écran ci-dessous). Si vous relâchez le bouton de la souris dans le coin droit du nœud, le nœud déplacé est ajouté en tant que nœud enfant (partie droite de la copie d'écran).

Lorsqu'un PDF contient beaucoup d'informations, si vous créez de nombreux commentaires ou mettez en surbrillance un certain nombre de passages dans le texte, la recherche d’une annotation en particulier peut rapidement devenir un cassetête (partie gauche de la copie d'écran). Docear vous permet donc de créer des catégories à l'intérieur des fichiers PDF. Sélectionnez un PDF, insérez des nœuds enfants pour constituer des sous-catégories (par exemple « Résultats » ou « Méthodologie »), et classez vos annotations dans ces catégories. Cette méthode améliore grandement la structure de vos PDF et de vos annotations.

La partie gauche montre un PDF avec ses annotations d'origine. La partie droite montre les catégories supplémentaires créées pour classer les annotations à l'intérieur du PDF.

Fonctionnalités PDF et annotations Ouverture d'un PDF (fonctionnalité Jump-to-page (Aller à la page)) Pour rechercher une information, cliquez sur l'icône du PDF ou de l'annotation. Le PDF s'ouvre alors avec votre éditeur PDF favori sur la page exacte où vous avez inséré l’annotation. Cependant, pour permettre à Docear d'ouvrir un PDF sur cette page précisément, vous devez disposer d’une visionneuse PDF compatible.

Modification des annotations Lorsque vous modifiez une annotation avec Docear, cette modification est automatiquement reportée dans le PDF, et vice-versa. Si l'annotation se réfère à du texte en surbrillance, Docear n'importe pas le texte en surbrillance. Les éditeurs PDF copient (normalement) le texte que vous avez mis en surbrillance dans une note contextuelle (invisible), et le texte présent dans cette note est importé par Docear. Certains éditeurs PDF signalent ces notes contextuelles par une petite icône (consultez la copie d'écran suivante). Lorsque vous placez la souris sur du texte en surbrillance, le texte qui sera importé par Docear s’affiche.

La plupart des éditeurs PDF permettent de modifier le texte en surbrillance directement dans le PDF : double-cliquez sur le texte en surbrillance, la fenêtre contextuelle s'ouvre alors pour modifier le texte. C'est une option très pratique car, si vous avez mis en surbrillance une phrase comme : « Il est plus facile à spammer que la recherche Google classique », plus tard lorsque vous verrez l'annotation « Il » dans votre carte heuristique, vous ne vous rappellerez probablement pas à quoi elle correspond. Vous pouvez donc remplacer le texte de la fenêtre contextuelle par « Google Scholar est plus facile à spammer que la recherche Google classique ». Plus tard, vous saurez exactement à quoi se réfère cette annotation.

Enregistrement de nouveaux PDF et création d’annotations Pour voir dans Docear les nouveaux PDF que vous avez enregistrés dans le dossier Literature Repository (Ressources documentaires), vous devez mettre à jour la carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations). Pour ce faire, cliquez sur l'icône d'actualisation, comme vous l'avez fait la première fois. Cependant, tenez compte des informations suivantes :   

Si vous enregistrez un tout nouveau PDF, il s'ajoute à votre nœud incoming (Nouveau) (1). Si vous créez une annotation dans un PDF qui se trouve déjà dans votre carte heuristique, l'annotation s'ajoute directement à votre PDF (3). Si vous créez une annotation dans un PDF et que votre carte heuristique contient d'autres annotations de ce PDF (2b), mais pas le PDF, le PDF et sa nouvelle annotation (2a) s'ajoutent à votre nœud incoming.

Si vous souhaitez modifier cette procédure, référez-vous aux options avancées de surveillance. Docear propose différents paramétrages.

La partie gauche montre la carte heuristique d'origine, et la partie droite montre la carte heuristique après importation de nouveaux PDF et annotations. Ont été ajoutés : (1) un nouveau PDF, qui ne se trouvait dans aucune carte heuristique auparavant, (2a) une annotation et son PDF parent car, même si une annotation de ce PDF se trouve déjà dans la carte heuristique (2a), le PDF ne se trouve pas dans la carte heuristique), (3) une nouvelle annotation d'un PDF qui se trouve déjà dans la carte heuristique.

Gestion des références Création automatique de références Docear extrait et récupère (semi) automatiquement les données bibliographiques de vos PDF. Ces données apparaissent lorsque vous déplacez votre souris sur un PDF. Vous pouvez également afficher les données bibliographiques en permanence en activant l’option Show all attributes (Voir tous les attributs).

Vous devez indiquer à Docear les PDF pour lesquels il doit récupérer des métadonnées (à l’avenir, cela pourra devenir automatique pour tous les PDF). Pour ce faire, sélectionnez un PDF et choisissez l’option Create or update reference (Créer ou mettre à jour les références) dans le menu. Vous pouvez, soit spécifier manuellement toutes les données (Create blank entry linking the PDF (Créer une entrée vide pour lier le PDF)) ou essayer de récupérer les méta-données de la bibliothèque en ligne de Docear.

Les méta-données de la bibliothèque en ligne de Docear sont récupérées via une méthode de hachage que nous créons à l’aide du titre. Le titre est extrait automatiquement de vos PDF. Vous pouvez modifier le titre avant de l'envoyer à la bibliothèque en ligne de Docear. Il est important d'envoyer le titre correct, même s'il peut être incomplet. Les termes les plus représentatifs sont généralement suffisants. Cependant, un terme incorrect peut sérieusement compromettre l'efficacité de la recherche. Parfois, les caractères spéciaux tels que les apostrophes, les guillemets ou les tirets peuvent poser problème. Si vous ne recevez aucun résultat, vous pouvez essayer à nouveau en supprimant les caractères spéciaux ou les mots les contenant. Pour l'exemple illustré dans la capture d'écran, le titre deviendrait « Google Ranking Introductory Overview ».

Gestion manuelle de références Docear intègre un gestionnaire de références complet : JabRef (lien en anglais) (seules quelques fonctions n'ont pas été intégrées). Dans le panneau des références vous pouvez créer des références (1), afficher la liste de toutes vos références (2) et créer une section pour modifier les entrées (3). Lorsque vous modifiez des données dans le panneau des références, les modifications sont automatiquement mises à jour dans la carte heuristique. Si la mise à jour ne s’effectue pas, cliquez sur Refresh references (Rafraîchir les références) dans le menu (4). Notez que la section de modification (3) s'ouvre lorsque vous double-cliquez sur une entrée de la liste.

Lorsque vous fermez la section de modification, la bibliographie formatée apparaît (voir la capture d'écran ci-dessous).

La liste des références peut contenir des entrées pour lesquelles vous n'avez pas de PDF. Vous pouvez également ajouter des références à des nœuds autres que des PDF (ou des annotations). L'image suivante illustre ce point. La liste des références contient une référence pour laquelle aucun PDF n'est disponible (signalé par l'absence d'icône PDF dans la liste au niveau de cette entrée). Dans la carte heuristique, on peut voir un nœud pour Docear4Word. Ce nœud n'est lié à aucun PDF ni annotation. Néanmoins, vous pouvez glisser-déposer une référence, de la fenêtre des références au nœud. Les données bibliographiques sont alors ajoutées à ce nœud (signalé par une petite icône blanche au niveau du nœud). Vous pouvez également sélectionner un nœud, puis cliquer sur Add an existing reference (Ajouter une référence existante). Cela vous permet d'ajouter une référence de la liste des références à un nœud de la carte heuristique. Toutes les données de la référence sont alors associées à ce nœud. Si, dans la liste la référence est liée à un PDF, le lien du PDF est ajouté au nœud auquel vous associez la référence. Enfin, cerise sur le gâteau, vous pouvez lier un PDF de la carte heuristique à une référence de la liste de références. Pour cela, effectuez un glisser-déposer du PDF de la carte heuristique vers les références pour l’y associer. Dans ce cas, les données de la référence sont automatiquement liées au PDF de la carte.

Association de nœuds et références Lorsqu'une entrée de la liste des références est associée au même fichier qu'un nœud de la carte heuristique, les données bibliographiques sont ajoutées à ce nœud. Ceci implique les conséquences suivantes :

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Si vous associez un PDF à une entrée de la liste des références qui n'a pas encore de lien vers un PDF, les données bibliographiques de l'entrée de la liste sont ajoutées à tous les nœuds associés au PDF. Les associations étant effectuées uniquement selon le nom du fichier, et non selon le chemin, il vous est conseillé de nommer les PDF de manière différente. Dans le cas contraire, Docear pourrait considérer que deux entrées dans la liste des références pointent vers le même PDF. Cela peut être une source d'erreur.

Voilà, vous savez maintenant comment organiser vos documents avec Docear ! Nous souhaiterions vous rappeler que ce concept est véritablement unique. Pour en savoir plus sur ses exclusivités, cliquez ici (lien en anglais). Sinon, nous vous invitons à continuer la lecture de ce tutoriel. N'hésitez pas à nous contacter (lien en anglais) si vous avez la moindre question !

Préparation d'articles, de devoirs, de thèses, de livres... Le processus de base Une fois vos documents organisés avec Docear, la rédaction des brouillons de vos articles ou autres est un jeu d'enfant. Tout d'abord, créez une carte heuristique dans laquelle vous allez créer la base de votre article. Cliquez avec le bouton droit de la souris sur le dossier My Drafts (Mes brouillons), ajoutez une nouvelle carte heuristique et définissez un nom approprié pour votre carte. Vous pouvez également créer des sous-dossiers dans My Drafts afin d'organiser vos brouillons.

Dans cette carte heuristique, créez des nœuds pour chaque chapitre, paragraphe et phrase. Outre la rédaction de vos brouillons, une carte heuristique vous permet d’effectuer d’autres activités. Vous pouvez par exemple créer des nœuds pour vos listes de choses à faire, ou pour tenir à jour des listes de journaux ou de conférences où publier l'article (voir la capture d'écran).

L'un des grands avantages de Docear est la possibilité d’utiliser à nouveau les PDF et les annotations de votre carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations). Il vous suffit de copier les PDF et annotations auxquels vous souhaitez faire référence dans votre nouveau brouillon. Il peut s’avérer laborieux de passer d'une carte heuristique à une autre. C'est pourquoi nous vous recommandons plutôt d'ouvrir deux sessions Docear. De cette manière, vous ouvrez votre brouillon dans l'une des sessions, et votre carte Literature & Annotations (Documentation et annotations) dans l'autre. Si vous le désirez, vous pouvez glisser-déposer les nœuds d'une session à l'autre. Cependant, ceci n'est possible qu'avec un écran large.

Fonctionnalités de carte heuristique Docear possède toutes les fonctionnalités d'une carte heuristique. La section suivante vous présente une liste des fonctionnalités les plus utiles.

Liens

Il existe quatre types de liens. Vous connaissez déjà le premier type de liens : les liens vers les fichiers (ex. PDF) sur votre disque dur. Vous pouvez également créer les liens suivants : Liens visuels : maintenez la touche Ctrl enfoncée et sélectionnez deux nœuds dans votre carte heuristique. Sélectionnez l’option de menu Connect (Connecteur). 2. Hyperliens : lorsque vous collez une URL (http://exemple.com), un nouveau nœud qui relie l'URL est créé. Vous pouvez également choisir un nœud et sélectionner l’option de menu Add hyperlink (Ajouter hyperlien) pour ajouter ou modifier un hyperlien manuellement. 3. Liens internes : maintenez la touche Ctrl enfoncée, sélectionnez deux nœuds, puis sélectionnez l’option de menu Link node (Lien vers un nœud). Cela crée un lien interne (flèche verte). Lorsque vous cliquez sur ce lien, la carte heuristique se déplace automatiquement vers le nœud lié. 1.

Vous pouvez même créer des étiquettes pour obtenir une connexion qui ressemble à la suivante :

Pour créer une étiquette, cliquez avec le bouton droit sur la connexion entre deux nœuds. Vous pouvez entrer un nom d'étiquette dans la nouvelle boîte de dialogue qui s'affiche. La boîte de dialogue ne possède pas de bouton OK (OK) ou Close (Fermer). Appuyez sur Entrée pour confirmer l'étiquette et fermer la boîte de dialogue.

Cloud (Nuage) Le cloud (nuage) permet de visualiser les régions de votre carte heuristique qui sont reliées entre-elles. Sélectionnez un ou plusieurs nœuds, puis sélectionnez Add / remove cloud (Ajouter/Supprimer un nuage). Vous pouvez par ailleurs modifier la forme et la couleur des nuages.

Mise en forme Le panneau des références contient également les options de « mise en forme » des nœuds et des lignes (c’est-à-dire le trait entre les nœuds). En outre, vous pouvez sélectionner un nœud et choisir l'option Edit (in dialog) (Modifier (dans une nouvelle fenêtre)) qui affiche le texte du nœud dans une boîte de dialogue proposant diverses options de formatage.

Numérotation automatique La numérotation automatique est particulièrement utile pour la rédaction d'un brouillon d’article car elle permet de numéroter automatiquement vos chapitres. Sélectionnez plusieurs nœuds (maintenez la touche Ctrl enfoncée pour sélectionner plusieurs nœuds), ouvrez l'onglet Formatting (Format) dans le panneau des références, puis choisissez l’option de menu Node numbering (Numérotation des nœuds).

Notes Dans Docear, vous pouvez créer des notes supplémentaires pour chaque nœud. Pour afficher l'éditeur de notes, passez par le ruban Resources (Ressources) ou View (Affichage) [Display note panel (Afficher l'éditeur de notes)] ou appuyez sur Ctrl + > (ce raccourci dépend de la configuration de votre clavier. Si vous possédez un clavier allemand, vous devez appuyer sur Ctrl + Maj + <). Lorsque vous créez une note dans l'éditeur de notes, une icône de note s'affiche sur le nœud correspondant. Lorsque vous déplacez votre curseur sur l'icône, la note s'affiche directement dans la carte heuristique.

Attributs Les attributs permettent d’enregistrer des données bibliographiques dans la carte heuristique, mais vous pouvez également les utiliser pour classer vos articles. Vous pouvez par exemple ajouter l'attribut status (statut) à vos essais, et les valeurs to_read (à lire), top_read (favori), boring (inintéressant), etc. Vous pouvez attribuer des mots clés aux articles, puis les utiliser pour vos recherches futures. Vous trouverez plus d'informations sur les attributs dans la suite du manuel.

Images Vous pouvez ajouter des images aux nœuds de deux façons différentes. Vous pouvez ajouter l'image en créant un lien normal vers un fichier. Dans ce cas, l'image ne s'affiche pas dans la carte heuristique, mais si vous cliquez sur le nœud, l'image s'ouvre dans votre éditeur d'image externe. Pour procéder ainsi, ajoutez au nœud un lien « normal » vers un fichier local ou faites un copier-coller de l'image depuis votre explorateur de fichiers. Les images peuvent aussi être directement affichées dans les cartes heuristiques. Pour procéder ainsi, faites un glisser-déposer de l'image depuis votre explorateur de fichiers vers un nœud.

Formules Vous pouvez ajouter des formules LaTeX aux nœuds pour insérer des symboles mathématiques et des formules dans votre carte heuristique. Le langage LaTex requiert un certain temps d’apprentissage, mais il s'avère extrêmement utile, surtout si vous travaillez dans le domaine des mathématiques, de la physique, de la chimie, etc.

Icônes Les icônes vous aident à mettre en évidence certains nœuds ou à effectuer des tâches simples de gestion de projets. Vous pouvez par exemple gérer votre liste de tâches à faire dans une carte heuristique et y ajouter des icônes de progression. Pour ajouter les icônes, passez par le menu (1) ou la barre d'outils des icônes (3). Pour afficher la barre d'icônes, cliquez à l’aide du bouton droit de la souris sur une zone vide d'une carte heuristique et activez l’option de menu Icons toolbar (Barre d'icônes). Vous pouvez aussi activer la barre d'outils en passant par le ruban View (Affichage).

Nœuds récapitulatifs Les nœuds récapitulatifs vous permettent de résumer le contenu de plusieurs autres nœuds. L'image ci-dessous en est un exemple.

Nœuds libres/flottants

Les nœuds libres semblent flotter dans la carte heuristique. Vous pouvez les positionner librement par un glisser-déposer. Placez votre souris sur le coin droit ou gauche du nœud, cliquez et déplacez-le. Cependant, les nœuds libres entraînent parfois des problèmes d'affichage. Nous vous conseillons de ne les utiliser que si vous en avez vraiment besoin.

Rédaction d’articles, de devoirs, de thèses, de livres... Export de cartes heuristiques Docear comporte une fonctionnalité qui vous permet d'exporter vos cartes heuristiques vers Microsoft Word, OpenOffice, LaTeX ainsi qu'aux formats PDF, PNG, JPEG, SVG et de nombreux autres formats. Vous pouvez utiliser cette fonctionnalité pour les exporter vers MS Word, puis apporter les dernières retouches à votre brouillon. Cependant, nous devons reconnaître que la fonctionnalité d'exportation n'est pas parfaite. Nous vous conseillons de l'essayer pour voir si elle vous convient. De notre côté, nous ne l’utilisons pas. Nous rédigeons notre brouillon dans Docear avant de rédiger l'ensemble de notre article, livre ou thèse avec un logiciel de traitement de texte. Cette méthode nécessite un peu plus de travail mais a l'avantage de vous permettre de repenser à votre texte et de le retoucher. En général, cela permet d'obtenir un document d'une meilleure qualité que si vous aviez simplement repris le texte de votre brouillon. Cependant, nous sommes conscients qu'une fonction d'exportation efficace est nécessaire et nous y travaillons. Si vous utilisez LaTeX, l'exportation peut donner de meilleurs résultats car un des utilisateurs de Docear a contribué à améliorer la fonctionnalité d'exportation pour que celle-ci inclue, par exemple, les citations. Le paragraphe ci-dessous présente la fonctionnalité d'exportation d'une carte heuristique vers LaTeX :

Le filtre d'exportation Latex input with cites and details (Entrée LaTeX avec citations et détails) exige une carte heuristique structurée comme un document. Vous obtiendrez une structure complète de document LaTeX contenant des titres et des contenus structurés en entrées, ainsi qu'en texte issu des détails des nœuds. Ces fichiers doivent être inclus dans le modèle de votre document à l'aide de la commande \input{contenu}. La carte heuristique doit être hiérarchisée. Tous les objets numérotés deviendront les titres du calque correspondant (par exemple, les sous-nœuds directs du nœud racine deviennent des chapitres, leurs sous-nœuds directs créent des sections et ainsi de suite). Les sous-nœuds non-numérotés situés directement en dessous d'un nœud numéroté (quel que soit le calque) deviendront des paragraphes du titre précédent. Toutes les autres structures sont placées dans des environnements \description{} imbriqués. Le texte détaillé relatif à un nœud se trouve dans les objets de description. Les citations créeront un \cite{} à tout endroit et transfèreront donc vos notes depuis leur sous-nœud vers un environnement de description. Les notes apparaîtront sous forme d'annotation \todo{}, nécessitant le package todonotes.

Avec Microsoft Word Dans Docear, chaque référence est identifiée par un identifiant unique : sa clé BibTeX (BibTeX est le format de données dans lequel les références sont enregistrées). Pour copier des références vers MS Word, vous devez d'abord sélectionner les références à copier dans votre carte heuristique ou dans le panneau des références. Vous pouvez sélectionner plusieurs références (par exemple, les nœuds correspondants) en maintenant la touche Ctrl enfoncée. Choisissez ensuite l’option Copy reference key(s) (Copier la ou les clés de référence) dans le menu. Ceci vous permettra de copier les clés dans le presse-papiers. Si vous avez sélectionné plusieurs références, toutes les clés sont copiées dans le pressepapiers, séparées par des virgules (clé1,clé2,clé, etc.).

Dans Microsoft Word (après l’installation de Docear4Word (lien en anglais)), écrivez votre document en vous basant sur votre brouillon, placez le curseur là où vous souhaitez insérer une référence et cliquez sur l’option Add Reference (Ajouter une référence) dans le menu. Une boîte de dialogue s'ouvre et affiche la liste des références. Si vous avez copié les clés BibTeX de référence dans le presse-papiers dans Docear, le bouton D->D4W est actif. Si vous cliquez sur ce bouton, toutes les références correspondantes sont automatiquement sélectionnées. Vous pouvez également activer les cases à cocher souhaitées pour sélectionner manuellement les références correspondantes. Vous pouvez filtrer votre liste à l'aide du champ des filtres. Vous pouvez choisir d'indiquer la référence au format standard, par exemple [1] ou au format (Beel et collab. 2010) ou d'afficher soit l'auteur uniquement, soit l'année uniquement, ou encore l'auteur suivi de l'année entre parenthèses.

Placez ensuite le curseur à l'endroit où vous souhaitez insérer votre liste de références et choisissez l’option Insert Bibliography (Insérer une bibliographie) dans le menu.

Enfin, pour modifier le style des citations, sélectionnez le style souhaité dans la liste Style. Seuls quelques styles sont préinstallés dans Docear4Word. Si vous n’y trouvez pas le style souhaité, sélectionnez un style ici (lien en anglais) parmi plus de 1 700 styles de citation.

Avec OpenOffice ou LibreOffice Nous ne proposons pas de complément pour LibreOffice, niOpenOffice pour l'instant. Si vous connaissez un développeur intéressé par la création d'un tel complément, merci de nous contacter (lien en anglais). Nous pourrions peut-être même payer le développeur.

Avec LaTeX Si vous utilisez LaTeX, Docear vous permet de copier la clé BibTeX au format requis, par exemple \cite{clé1,clé2,clé3,etc.}. Sélectionnez simplement la référence à copier, puis choisissez l’option Copy reference key(s) for LaTeX (Copier la ou les clés de référence pour LaTeX).

Recherche et tri dans vos références, PDF, etc. Docear propose plusieurs options de recherche et de tri de vos documents, de vos annotations, etc. Poursuivez la lecture du manuel pour en apprendre plus sur ces options. Pour faire des recherches dans la carte heuristique en cours d'utilisation, appuyez sur Ctrl + G ou, dans le ruban, menu Search and Filter (Rechercher et Filtrer),utilisez la fonction Search (Rechercher) classique.

Pour organiser vos documents en fonction des liens de mise en réseau (et des attributs), consultez cette page (lien en anglais). Pour faire des recherches dans vos références, ouvrez le panneau des références et appuyez sur Ctrl + F ou cliquez sur le bouton de recherche.

Sélectionnez la méthode de recherche qui correspond le plus à vos besoins (par filtre, incrémentielle, etc.)

Docear ne propose pour le moment aucune fonction intégrée de recherche sur l'ensemble du texte du PDF. Cependant, nous vous recommandons de vous servir par exemple de la fonction de recherche dans le PDF de PDF-XChange Viewer, qui est très efficace. La plupart des autres éditeurs PDF proposent des fonctions similaires.

Pour chercher de nouveaux documents dans la bibliothèque en ligne de Docear, qui contient environ 2 millions de PDF disponibles au grand public, ouvrez le panneau d'espace de travail et choisissez l’option Online search (Recherche en ligne).

Découverte de nouveaux documents Docear est doté d'un système de recommandation de littérature universitaire. Lorsque ce système de recommandation est activé, Docear analyse vos PDF et cartes heuristiques afin d'identifier vos intérêts de recherche (tout en respectant, bien sûr, la confidentialité de vos données (lien en anglais)). Vous recevrez une liste contenant jusqu’à dix recommandations une fois par semaine, ou lorsque vous cliquez sur l'icône de recommandation (1). Tous les documents recommandés sont gratuits et téléchargeables immédiatement dans leur intégralité au format PDF. Pour lire les PDF directement dans votre navigateur cliquez sur le titre (2) ou téléchargezles dans votre dossier Literature Repository (Ressources documentaires) (3a+3b).

Amélioration de la productivité Raccourcis clavier Personnalisation des raccourcis Le paramétrage de raccourcis clavier personnalisés est extrêmement simple. Maintenez la touche Ctrl enfoncée et cliquez sur l’option de menu pour laquelle vous souhaitez créer un raccourci. Une boîte de dialogue s'ouvre. Vous pouvez y saisir le raccourci clavier souhaité en appuyant sur les touches correspondantes, et voilà, c’est fait !

Apprentissage des raccourcis existants (en info-bulle) Si vous passez le curseur de la souris sur une entrée du menu, le raccourci qui y est associé (le cas échéant) apparaît en info-bulle. Cela veut dire que si vous exécutez ce raccourci (par exemple Ctrl + W), le logiciel exécute immédiatement la fonctionnalité associée (par exemple la fermeture de la carte heuristique en cours d'utilisation).

Liste des principaux raccourcis clavier Entrée Ajoute un frère au-dessus du nœud actuel Maj + Entrée Ajoute un frère sous le nœud actuel Inser Ajoute un nœud enfant F2 (ou double-clic) Modifie le nœud imbriqué Alt + Entrée Modifie le nœud dans la boîte de dialogue Espace Plie/Développe le nœud Pg.suiv/préc Atteint le nœud le plus haut/bas de ce niveau Échap Accède au nœud racine Ctrl + Espace Plie/Développe l'enfant Alt + Pg.suiv/préc Plie/Développe le niveau suivant Ctrl + Tab Passe à la carte suivante Ctrl + Maj + Tab Revient à la carte précédente Windows + Gauche Déplace l'application sur la partie gauche de l'écran Windows + Droite Déplace l'application sur la partie droite de l'écran Windows + Haut Agrandit la fenêtre d'application Alt + F9 Modifie les attributs imbriqués Ctrl + Molette de la souris Zoom avant/arrière Molette de la souris Défilement vers le haut/vers le bas Tab Affiche/Masque les éléments du menu

Ctrl + S Ctrl + G Alt + Haut Alt + Bas Alt + Droite Alt + Gauche

Enregistre la carte heuristique Ouvre la boîte de dialogue de recherche Déplace le nœud sélectionné vers le haut Déplace le nœud sélectionné vers le bas Déplace le nœud sélectionné vers la droite Déplace le nœud sélectionné vers la gauche

Spécificités Windows Saviez-vous que lorsque vous appuyez sur la touche Windows du clavier et sur la flèche gauche (ou droite), la fenêtre active se déplace sur la gauche (ou sur la droite) de l'écran ? Cette fonction est utile lorsque vous souhaitez travailler dans deux fenêtres en même temps. Vous n'avez pas besoin de déplacer la fenêtre manuellement. Il vous suffit de faire Windows + gauche pour positionner une application (par exemple, Docear), et Windows + droite pour positionner la seconde application (par exemple votre lecteur PDF). Si vous voulez qu'une application s'affiche en plein écran, appuyez sur Windows + haut.

Navigation dans les cartes heuristiques Déplacement de la carte Afin de déplacer la carte heuristique, cliquez sur une partie vide de la carte, maintenez le bouton gauche de la souris enfoncé, puis déplacez la carte à l'aide de la souris. Vous pouvez également utiliser la molette de la souris pour vous déplacer de haut en bas.

Zoom

Pour zoomer ou dézoomer sur la carte heuristique, utilisez les boutons correspondants dans la barre d'outils ou utilisez le raccourci faites Ctrl + molette.

Navigation entre les nœuds Vous pouvez naviguer entre les nœuds grâce aux flèches du clavier. Appuyez sur la flèche droite pour déplacer la sélection vers la droite, appuyez sur la flèche du bas pour déplacer la sélection vers le bas, etc.

Pliage et développement des nœuds Appuyez sur l'icône (Un)fold (Plier/Développer), sur la petite « bulle » à l'extrémité du nœud, ou appuyez sur Espace afin de masquer ou d'afficher les enfants du nœud sélectionné.

Utilisez l’option (Un)fold children (Plier/Développer les enfants) ou appuyez sur Ctrl + Espace pour afficher/masquer les petits-fils du nœud sélectionné.

Pour plier ou développer le niveau inférieur au nœud sélectionné, cliquez sur Unfold one level (Développer un niveau), ou sur Fold one level (Plier un niveau), ou appuyez sur Alt + pg.suiv (ou Alt + pg.préc)

Passage du premier au dernier nœud frère Vous pouvez vous rendre directement sur le premier ou sur le dernier nœud frère du nœud sélectionné grâce aux touches Page précédente ou Page suivante du clavier.

Modification des nœuds Pour modifier un nœud imbriqué, appuyez sur F2, double-cliquez sur un nœud, ou cliquez sur l'icône correspondante dans la barre d'outils.

Pour modifier un nœud dans une boîte de dialogue, appuyez sur Alt + Entrée. Vous bénéficiez ainsi de plus d'options de modification.

Déplacement des nœuds Vous pouvez déplacer les nœuds grâce à Ctrl+Haut/Bas/Gauche/Droite ou à l'aide des options de menu correspondantes. Vous avez également la possibilité d'utiliser la souris pour glisser-déposer un nœud, et l'ajouter comme nœud frère ou nœud enfant d'un autre nœud.

Sélection de plusieurs nœuds à la fois Il est parfois pratique de sélectionner plusieurs nœuds à la fois. Pour ce faire, maintenez la touche Ctrl enfoncée et sélectionnez plusieurs nœuds à l'aide de la souris. Vous pouvez également appuyer sur la touche Maj et utiliser les flèches de direction pour sélectionner plusieurs nœuds.

Agrandissement de l'espace de travail Afin de cacher l’ensemble des composants, à l’exception du panneau de la carte heuristique, cliquez sur Maximize map view (Agrandir la vue carte), ou appuyez sur la touche Tabulation.

Utilisation d'un écran large La meilleure solution pour travailler de façon productive avec Docear est d'utiliser un écran large, ou, encore mieux, deux écrans larges. Même si vous utilisez un ordinateur portable, il est facile d'y raccorder un écran supplémentaire et d'utiliser l'écran de votre ordinateur portable en tant qu’écran secondaire. Nous vous recommandons d’utiliser un écran 27'' minimum d'une résolution de 1 920 x 1 080 pixels, même s’il est bien mieux d’utiliser un écran 27'' d'une résolution de 1 920 x 1 200 pixels. Pour des conditions idéales, vous pouvez utiliser un écran 30'' d'une résolution de 2 560 x 1 600 pixels. L'utilisation de deux écrans larges vous permet :

 de travailler dans Docear et de consulter un PDF en même temps ;

 d’avoir deux sessions Docear ouvertes, une avec votre carte heuristique

Literature & Annotations (Documentation et annotations), et l'autre avec le brouillon actuel de votre article ;

 d’écrire un article tout en ayant votre brouillon et un PDF ouverts en même temps ;

 de travailler sur Docear et de regarder votre film préféré en HD :-).

Travail avec plusieurs cartes heuristiques Vous pouvez ouvrir plusieurs cartes heuristiques en même temps, chacune dans un onglet différent. En premier lieu, ouvrez plusieurs cartes en double-cliquant sur leur nom dans l'espace de travail. Pour naviguer/passer d'une carte à l'autre, utilisez le menu puis cliquez sur les onglets ou appuyez sur Ctrl+Tab (pour passer à la carte suivante) ou sur Ctrl+Maj+Tab (pour revenir à la carte précédente).

Travail sur plusieurs sessions de Docear en même temps Le passage incessant d’une carte à une autre peut s’avérer fatigant ; c'est pourquoi il peut être utile d’ouvrir deux sessions de Docear, par exemple, une session pour votre carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations), et une autre pour le brouillon sur lequel vous travaillez actuellement. Nous vous déconseillons d'ouvrir la même carte heuristique deux fois, puisque Docear ne peut pas encore synchroniser deux sessions. Vous pouvez également déplacer les PDF d'un nœud entrant vers la carte heuristique temporaire. Si vous avez beaucoup de nouveaux PDF, leur répartition dans une carte heuristique d'un nœud entrant vers les catégories peut s’avérer pénible, car cela nécessite de naviguer en permanence entre le nœud entrant et les catégories.

Détection de nouveaux fichiers dans plusieurs dossiers Vous pouvez avoir besoin de classer vos PDF dans différents dossiers, par exemple dans c:\université\mes pdfs\ et dans c:\université\pdfs des collègues\. Pour que Docear puisse surveiller plusieurs dossiers, ajoutez ces dossiers au dossier des ressources documentaires via le menu ou à l’aide d’un clic droit sur le dossier des ressources documentaires. La solution la plus simple reste cependant d’enregistrer vos PDF sous C:\université\pdfs\moi et C:\université\pdfs\collègues, puis de ne surveiller que le dossier C:\université\pdfs.

Création de vos propres nœuds de surveillance et de vos propres cartes heuristiques Comme nous l'avons déjà mentionné, le tri des PDF des nœuds entrants vers les catégories est une tâche fatigante parce qu'il faut sans arrêt naviguer entre les nœuds entrants et les catégories. Une des solutions consiste à déplacer vos PDF manuellement depuis les nœuds entrants vers votre carte temporaire, puis à ouvrir cette carte dans une nouvelle session. Cependant, si vous voulez gérer vos ressources documentaires de cette manière, la meilleure méthode consiste à créer une toute nouvelle carte avec une fonction de surveillance. Créez une nouvelle carte heuristique (faites un clic droit sur Library (Bibliothèque)), et nommez la carte Entrant, par exemple.

Ouvrez la nouvelle carte Entrant, sélectionnez le nœud racine, puis choisissez l’option de menu Add monitoring folder (Ajouter un dossier de surveillance). Suivez les instructions qui s'affichent à l'écran et sélectionnez le dossier qui contient les PDF (si vous voulez surveiller plusieurs dossiers, n'en choisissez qu'un). Vous disposez maintenant de la même fonctionnalité que dans la carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations). Lorsque vous cliquez sur l'icône d’actualisation du nœud racine, tous les PDF et toutes les annotations qui ne se trouvent pas déjà dans les cartes heuristiques de la bibliothèque sont ajoutés au nœud entrant. Vous pouvez cependant modifier de nombreux paramètres (reportezvous à la section suivante). Il n’est d’ailleurs pas obligatoire de mettre le nœud de surveillance sur le nœud racine dans une nouvelle carte heuristique. Vous pouvez ajouter cette fonctionnalité à n'importe quel nœud, dans n'importe quelle carte.

Le fait d'avoir une carte heuristique Entrant séparée change également une dernière chose. Avec le concept « par défaut », les annotations créées dans un PDF déjà associé, par exemple, à la carte heuristique Literature & Annotations» (Documentation et annotations), sont directement ajoutées au PDF dans cette carte heuristique. Si vous avez une carte heuristique distincte, les nouvelles annotations

s'ajoutent à la carte heuristique Entrant. Vous pouvez également avoir une carte heuristique Entrant et utiliser la fonction de surveillance sur la carte heuristique Literature & Annotations». Bien sûr, une fois qu'un PDF est ajouté, par exemple à la carte Entrant, il n'apparaîtra pas dans le nœud entrant de la carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations).

Configuration des nœuds entrants De nombreuses options permettent d'adapter la fonction de surveillance à vos besoins. La plupart d’entre-elles, mais pas toutes, sont disponibles depuis le menu (1). Pour accéder à toutes les options, vous devez modifier les attributs du nœud de surveillance (2). Pour les afficher, suivez le chemin qui suit : View -> Attribute Options -> Show all attributes (Affichage -> Options d’attribut -> afficher tous les attributs). Vous pouvez suivre la même procédure pour masquer les options.

Dossiers de surveillance de nouveaux fichiers Le dossier mon_incoming_folder indique le dossier à surveiller pour repérer les nouveaux fichiers PDF. Vous pouvez entrer le chemin d'accès à la racine de votre projet, par exemple project://1419906A3EA5XEKL4Q3TDIFFBO76S21WI3PO/my pdfs/ (projet://1419906A3EA5XEKL4Q3TDIFFBO76S21WI3PO/mes pdf/ ), la série de chiffres correspondant au numéro d'identification du projet. Si vous souhaitez rechercher de nouveaux fichiers dans l'intégralité du dossier Literature repository (Ressources documentaires) (qui peut contenir plusieurs dossiers), entrez en valeur @@literature_repository@@. (@@ressources_documentaires@@).

Cartes heuristiques à consulter Le dossier mon_mindmap_folder indique les cartes heuristiques que Docear consulte pour trouver les PDF déjà importés. Cela signifie que seuls les PDF et les annotations qui ne sont pas déjà liés à une carte heuristique dans le dossier mon_mindmap_folder seront importés. La seule valeur valide est @@library_mindmaps@@, c'est-à-dire que seuls les PDF et les annotations ne se trouvant pas dans une carte heuristique de votre bibliothèque seront importés.

Surveillance automatique Le dossier mon_auto vous permet de définir si la mise à jour démarre automatiquement lorsque vous ouvrez la carte heuristique, ou seulement lorsque vous cliquez sur l'icône de rafraîchissement.

Exclusion de sous-dossiers de la surveillance Le dossier mon_subdirs indique si les sous-dossiers du dossier contenant les PDF doivent également être surveillés.

Liste de nouveaux fichiers dans « nœud entrant » Le dossier mon_add_extra_incoming_node indique si un nœud « entrant » supplémentaire doit être créé, dans lequel les nouveaux PDF et les nouvelles annotations seront ajoutés. Le nœud entrant créé est toujours l'enfant du nœud de surveillance.

Aplatissement des dossiers de surveillance Le dossier mon_flatten_dirs indique si Docear doit conserver l'arborescence d'origine de votre disque dur ou ne pas la prendre compte lors de l'importation des PDF et des annotations.

Valeurs de paramètres valides Les quatre derniers paramètres ci-dessus peuvent prendre les valeurs de 0, 1 ou 2. « 0 » signifie que le paramètre est désactivé, « 1 » signifie qu’il est activé et « 2 » signifie qu’il prend la valeur « par défaut ». Les préférences de Docear permettent de modifier les valeurs par défaut.

Modification du type de fichiers surveillés Docear recherche, dans votre dossier des ressources documentaires, de nouveaux fichiers au format PDF mais également d'autres types de fichiers tels que des documents au format Word, des feuilles Excel, des images, etc. Les types de fichiers surveillés par Docear peuvent être définis dans les préférences (voir capture d'écran ci-dessus).

Suppression des sauts de ligne et des espaces dans les annotations importées Parfois, lorsque vous mettez du texte en surbrillance dans un PDF, l'éditeur de PDF ajoute des sauts de ligne et des espaces entre les mots. Docear vous permet de supprimer ces sauts de ligne et ces espaces.

Utilisation des attributs pour classer et regrouper votre documentation

Veuillez consultez notre Blog (lien en anglais).

Importation des références depuis le Web (par exemple PubMed, ACM, Elsevier, ...) Veuillez consultez notre Blog (lien en anglais).

Agrandissement de l’espace de travail (importation de fichiers et de dossiers) Vous pouvez agrandir l'espace de travail et (1) importer des dossiers depuis votre disque dur. Cela vous permet de bénéficier d’un accès rapide aux fichiers enregistrés en dehors du répertoire de votre projet. Bien entendu, vous pouvez également importer des dossiers qui sont déjà à l'intérieur du répertoire de votre projet. De plus, vous pouvez créer des Dossiers virtuels (2) et relier les fichiers de votre choix dans ces dossiers. Cette option se rapproche de la fonction des touches de raccourci sous Windows. Le dossier virtuel n'existe pas vraiment (sauf dans Docear) et les fichiers qu'il contient pointent uniquement vers les fichiers existants. Les dossiers importés (2), quant à eux, sont une représentation identique d’un dossier existant sur votre disque dur. Pour créer de tels dossiers, ou pour relier des fichiers, cliquez avec le bouton droit de la souris sur le nom du projet dans votre espace de travail, puis utilisez les options de menu Add – New folder… (Ajouter - Nouveau dossier...) ou Add – New link to file (Ajouter - Nouveau lien vers fichier...). Suivez ensuite les instructions.

Importation de certains types d'annotations uniquement Dans les préférences, vous pouvez sélectionner le type d'annotations que Docear doit importer.

Suppression des annotations des cartes heuristiques sans suppression dans les PDF Parfois, les PDF contiennent des annotations que vous voulez conserver dans le PDF (par exemple la table des matières, enregistrées en tant que signets), mais pas dans les cartes heuristiques. Pour ce faire, déplacez ces annotations dans votre Trash mind map (Corbeille de carte heuristique). Par exemple, si les signets de la table des matières de votre PDF se trouvent dans votre Trash mind map, ils sont toujours dans votre PDF mais n'apparaissent pas dans la carte heuristique Literature & Annotations (Documentation et annotations) lorsque vous l'actualisez.

Services en ligne de Docear Sauvegarde et versions Si vous activez cette fonction, toutes vos cartes heuristiques seront enregistrées sur votre serveur à chaque sauvegarde d'une carte heuristique dans Docear (le fichier d'origine reste bien entendu sur votre ordinateur). Si vous n'êtes pas en ligne au moment de la sauvegarde, une copie sera créée et téléchargée sur le serveur lorsque vous vous connecterez à nouveau. Vous pouvez accéder à vos sauvegardes via l'interface Web (lien en anglais). Vous pouvez non seulement accéder à la dernière version de la carte heuristique, mais également à toutes les révisions préalables. Cela signifie que si vous avez fait une erreur ou supprimé une carte heuristique involontairement, il vous est possible de récupérer celle-ci facilement.

Pour le moment, seules les cartes heuristiques sont enregistrées sur notre serveur, mais nous prévoyons de prendre en charge les sauvegardes de vos données de référence et de vos fichiers PDF. Si vous utilisez la fonctionnalité de sauvegarde, nous effectuerons une analyse statistique de base de vos données. Cela signifie que nous analyserons le nombre de cartes heuristiques par utilisateur (min, max, moy), la taille des cartes heuristiques (taille du fichier), leur fréquence de modification, etc. Cependant, nous ne consultons pas le contenu des cartes heuristiques. Si vous souhaitez obtenir une solution de sauvegarde de qualité, à la fois pour vos données Docear mais également pour vos autres données, vous pouvez tester Backblaze. Backblaze crée en permanence des sauvegardes en ligne de tous les fichiers sur votre ordinateur pour 3,96 $/mois (environ 3,50 €). Plusieurs membres de l'équipe Docear utilisent Backblaze et en sont ravis. Vous pouvez également essayer Mozy, qui offre un service similaire, avec 2 Go de capacité en version gratuite. Bien que nous n'ayons pas été aussi convaincus par Mozy que par Backblaze, la version gratuite reste intéressante si vous ne pouvez pas dépenser 3,96 $/mois.

Synchronisation entre ordinateurs Nous envisageons de proposer un outil de synchronisation des données entre plusieurs ordinateurs, mais l'outil est encore en développement. En attendant, nous vous recommandons d'utiliser Dropbox pour synchroniser vos fichiers. Dropbox offre 2 Go d'espace libre pour synchroniser tous les fichiers que vous souhaitez et est simple à utiliser. Si 2 Go ne vous suffisent pas, vous pouvez payer pour disposer d’une plus grande capacité. Si vous avez besoin d'une solution plus avancée et souhaitez travailler avec plusieurs personnes sur les mêmes données, nous recommandons SVN (plus particulièrement TortoiseSVN (lien en anglais)). Ce dernier n’est cependant pas facile à paramétrer. Pour synchroniser des fichiers de plusieurs ordinateurs, vous devez enregistrer le dossier du projet sur, par exemple, Dropbox (ou Google Drive, Microsoft Onedrive ou tout autre outil de synchronisation de fichiers). Sur le ou les autres ordinateurs, vous devez installer Docear et importer les projets depuis le dossier Dropbox. L’importation d’un projet ne présente pas de difficulté. Dans Docear, sélectionnez Project -> Import project (Projet -> Importer projet), puis sélectionnez le dossier de base du projet (par exemple, ./dropbox/recherche_universitaire/). Suivez ensuite les instructions. Si vous utilisez plusieurs systèmes d'exploitation différents ou si vous enregistrez les projets à différents emplacements, vous pouvez rencontrer quelques problèmes mineurs : il est par exemple probable que les liens dans le panneau des références ne fonctionnent pas. Cela signifie que, par exemple, si vous cliquez sur l'icône PDF dans le panneau des références, le PDF ne s'ouvrira pas. Cependant, les liens de la carte heuristique et de l'espace de travail devraient fonctionner. Pour les utilisateurs plus expérimentés, il existe un moyen de faire fonctionner les liens dans le panneau des références. Une entrée standard BibTeX dans la base de données de référence ressemble à cela :

@ARTICLE{Beel10, author = {{B}eel, {J}oeran and {G}ipp, {B}ela and {W}ilde, {E}rik}, title = {{A}cademic {S}earch {E}ngine {O}ptimization ({ASEO}): {O}ptimizing {S}cholarly {L}iterature for {G}oogle {S}cholar and {C}o.}, journal = {Journal of Scholarly Publishing}, year = {2010}, volume = {41},

pages = {176--190}, file = {:C\:\\Utilisateurs\\admin\\Docear\\projets\\nom_du_projet\\literature_repository\ \Academic Search Engine Optimization (ASEO).pdf:PDF}, }

Le problème lié à la synchronisation est le suivant : sur le deuxième ordinateur, le chemin C\:\\Utilisateurs\\admin\\Docear\\... n'existe probablement pas car vous avez enregistré le projet ailleurs. De fait, les PDF liés ne peuvent s'ouvrir. Ce problème peut toutefois être contourné car Docear (plus précisément JabRef, sur lequel se base Docear) peut aussi prendre en charge les liens relatifs. Pour obtenir les liens relatifs, vous devez effectuer les étapes suivantes (si vous souhaitez que nous réalisions cette manipulation, veuillez consulter cette page (lien en anglais)) : 1. Fermez Docear 2. Ouvrez le fichier BibTeX avec un éditeur de texte 3. Ajoutez la ligne

@comment{jabref-meta: fileDirectory:;}

au fichier BibTeX et remplacez par le chemin relatif des fichiers PDF à l'emplacement du fichier BibTeX. Si les PDF sont situés au même emplacement que le fichier BibTeX, remplacez alors par un point (« . »). En règle générale, cependant, le fichier BibTeX est enregistré dans un répertoire tel que

C:\Utilisateurs\admin\Docear\projets\nom_du_projet\_data\148D09F686A3RMGAYIY W0UMMW8XDN012ON8I\default_files\

tandis que les PDF sont enregistrés dans

C:\Utilisateurs\admin\Docear\projets\nom_du_projet\literature_repository Dans ce cas, il vous faudra remplacer par « ./../../../literature_repository/ » (sans les guillemets). 4. Enlevez tous les chemins du fichier BibTeX. Les entrées BibTeX doivent passer de :

... file = {:C\:\\Utilisateurs\\admin\\Docear\\projets\nom_du_projet\\literature_repository\\Acade mic Search Engine Optimization (ASEO).pdf:PDF}, ...

à:

... file = {:Academic Search Engine Optimization (ASEO).pdf:PDF}, ...

5. Enregistrez et fermez le fichier BibTeX 6. Lancez Docear et vérifiez si les liens fonctionnent. Attention : vous devez effectuer l'étape 5 à chaque fois qu’une nouvelle entrée est créée dans le fichier BibTeX. L'idéal est de créer vous-même un petit script qui reproduit cette procédure à chaque synchronisation. Nous avons conscience que cette solution n'est pas idéale et nous prévoyons de travailler à l’amélioration de ce système.

Confidentialité des données Vous avez le choix de nous laisser recueillir vos données ou non. Vous pouvez simplement télécharger Docear, l'installer et l'utiliser sans vous enregistrer ; nous ne recueillerons aucune donnée vous concernant*. Nous serions cependant heureux de récupérer une partie de vos données pour les analyser. À la base, nous avons développé Docear pour en apprendre plus sur la méthode de travail des chercheurs, sur l’apparence habituelle des cartes heuristiques et sur la manière de conseiller les chercheurs en termes de documentation (consultez également nos publications et domaines de recherche (lien en anglais)). Vous pouvez ainsi activer l'option de partage de vos données avec nous et nous permettre de les analyser dans les préférences de Docear. « Vos données » comprennent vos cartes heuristiques, vos fichiers PDF, votre fichier BibTeX et vos données d'utilisation de Docear. Nous vous garantissons que nous ne communiquerons pas vos données (nom, adresse e-mail, etc.), ni vos cartes heuristiques à des tiers. Pour plus d'informations, consultez nos Conditions d'utilisation (lien en anglais) ou contactez-nous. * Lorsque vous visitez notre site Web, nous pouvons enregistrer temporairement votre adresse IP. Nous utilisons également Google Analytics pour étudier votre utilisation de notre site.

Docear Web Une version Web de Docear est prévue mais cela prendra sans doute encore un peu de temps. En attendant, n'oubliez pas que Docear utilise un format de fichier compatible avec Freeplane et FreeMind. Cela signifie que toutes les applications cartographiques en ligne qui peuvent lire les cartes heuristiques FreeMind et Freeplane doivent également pouvoir lire les cartes Docear. Dites-nous (lien en anglais) quels outils de cartographie en ligne fonctionnent le mieux avec Docear .

Docear Mobile Une version mobile de Docear est prévue pour Android et iOS, mais cela prendra sans doute un peu de temps. En attendant, n'oubliez pas que Docear utilise un format de fichier compatible avec Freeplane et FreeMind. Cela signifie que toutes les applications cartographiques mobiles qui peuvent lire les cartes heuristiques

FreeMind et Freeplane doivent également pouvoir lire les cartes Docear. Nous pensons notamment à des applications disponibles sur iPhone comme iThoughts (lien en anglais) et iBlueSky (lien en anglais). Dites-nous (lien en anglais) quels outils de cartographie mobiles fonctionnent le mieux avec Docear.

Éditeurs PDF Présentation Vous trouverez ci-dessous une liste d'éditeurs PDF ainsi que leur compatibilité avec Docear. Dites-nous (lien en anglais) si vous constatez des erreurs ou si vous avez essayé un éditeur PDF qui n'est pas répertorié.

Il existe de nombreuses visionneuses PDF, mais seules quelques-unes fonctionnent parfaitement avec Docear. Les critères suivants sont importants : 1 Les annotations doivent être enregistrées au format PDF standard. La plupart des visionneuses PDF prennent les annotations en charge, à l'exception de Skim et Mendeley. 2 L'éditeur PDF doit pouvoir mettre du texte en surbrillance. L’annotation de votre PDF en mettant du texte en surbrillance est la meilleure solution, même si cela pose un problème. Docear n'importe pas le texte réellement mis en surbrillance. Au lieu de cela, certains éditeurs PDF copient le texte en surbrillance dans un champ de commentaire invisible. C'est ce texte que Docear importe ensuite. Cela signifie que votre éditeur PDF ne doit pas se limiter à pouvoir mettre du texte en surbrillance. Il doit également pouvoir copier le texte en surbrillance dans un champ de commentaire. Pour savoir si votre éditeur PDF prend cette fonctionnalité en charge, déplacez le curseur de

votre souris sur du texte en surbrillance. Si le texte s'affiche dans une fenêtre contextuelle, alors tout va bien.

Certains éditeurs PDF vous permettent de modifier directement le texte en surbrillance dans le document PDF. Double-cliquez le texte en surbrillance pour faire apparaître la fenêtre contextuelle qui permet de modifier le texte en surbrillance. Cette fonctionnalité est très pratique, car si vous surlignez une phrase comme « Il est plus facile à spammer que la recherche Google classique », vous ne vous saurez probablement plus à quoi « il » fait référence lorsque vous verrez l'annotation dans votre carte heuristique. Il est donc préférable que vous remplaciez le texte présent dans la fenêtre contextuelle par « Google Scholar est plus facile à spammer que la recherche Google classique ».

3 L'éditeur PDF doit pouvoir créer des commentaires dans un document PDF. Les « commentaires » sont parfois appelés « notes post-it » et ressemblent à ceci :

4 L'éditeur PDF doit également pouvoir créer des signets dans le document PDF. 5 Lorsque vous cliquez sur une annotation dans votre carte heuristique, Docear doit signaler à votre éditeur PDF à quelle page elle se trouve pour l'ouvrir. La plupart des éditeurs PDF proposent cette fonctionnalité. Néanmoins, lorsque le PDF ouvert, il n'est généralement pas possible de demander à l'éditeur PDF

d'aller à une autre page. Cela signifie que si vous cliquez, par exemple, sur l'annotation A dans votre carte heuristique, le document PDF s'ouvre à la bonne page. Cependant, si vous cliquez sur l'annotation B de votre carte alors que l’annotation B est dans le même document que l’annotation A, alors l'éditeur PDF reste sur la page de l'annotation A. PDF-XChange Viewer est l'une des rares visionneuses PDF permettant de changer de page dans un document PDF déjà ouvert. De plus, à notre connaissance, tous les lecteurs PDF pour Mac prennent en charge cette fonctionnalité. 6 Certains éditeurs PDF nécessitent une modification manuelle de certains paramètres. Pour certains logiciels, Docear modifie automatiquement des paramètres. Pour d'autres, le logiciel fonctionne directement sans modification. Pour d'autres cas, enfin, vous devez modifier les réglages manuellement.

PDF-XChange Viewer PDF-XChange Viewer est la seule visionneuse PDF que nous recommandons fortement, puisqu'elle prend en charge toutes les fonctionnalités nécessaires au fonctionnement de Docear. Notez qu'il existe une version gratuite, PDFXChange Viewer et une version payante, PDF-XChange Editor. Ne téléchargez pas PDF-XChange Editor mais PDF-XChange Viewer. Deux paramétrages doivent être modifiés pour que Docear puisse importer du texte en surbrillance. Généralement, Docear change automatiquement ce paramètre. Cependant, si Docear n'importe pas le texte que vous avez mis en surbrillance dans PDF-XChange Viewer, activez ces paramètres dans les préférences (Edition/Préférences/Commentaires) de PDFXChange Viewer.

Si vous êtes sous Linux (par exemple, Debian ou Ubuntu), vous pouvez utiliser PDFXChange Viewer grâce à Wine. Consultez ce forum (lien en anglais) pour obtenir plus d'informations.

Adobe Reader (Windows et MacOS) Adobe Reader X ne crée pas de signet mais crée des commentaires et du texte en surbrillance. Cependant, la fonctionnalité d’accès à la page souhaitée est limitée et la création de texte en surbrillance nécessite une action supplémentaire d’adaptation. Tout d'abord, vous devez modifier les paramètres d'Adobe Reader. Généralement, Docear effectue ces modifications automatiquement. Mais, en cas de problème, ouvrez la fenêtre Paramètres d'Adobe Reader et activez la case Ouvrir automatiquement la fenêtre des commentaires pour les commentaires autres que les notes.

Le problème vient du fait qu'Adobe Reader ne copie pas le texte en surbrillance dans les champs de commentaire. Par conséquent, lorsque vous souhaitez mettre en surbrillance du texte, sélectionnez d'abord le texte, copiez-le dans le presse-papiers (par un clic droit ou Ctrl+C)...

... Puis effectuez un nouveau clic droit sur le texte sélectionné, puis choisissez l’option de menu Surligner le texte et collez (Ctrl+V) le texte du presse-papiers. De cette façon, Docear peut importer le texte en surbrillance.

Vous devez également modifier le paramètre suivant dans les préférences d'Adobe Reader. Si vous ne modifiez pas ce paramètre, vous ne pourrez pas créer d'annotation dans certains PDF (ceux au format PDF/A).

Adobe Reader (Linux) En théorie, Adobe Reader fonctionne de la même manière sous Linux et sous Windows. Cependant, ce n'est pas le cas sur nos systèmes Linux ! Nous ne parvenons pas à y créer d'annotation car la barre d'outils correspondante reste grisée. Si cela fonctionne chez vous, dites-le nous (lien en anglais).

Adobe Acrobat

En cas de problème d'importation du texte en surbrillance créé avec Adobe Acrobat, vérifiez les préférences d'Adobe. Le paramètre Copier le texte sélectionné dans les fenêtres de texte surligné, de texte barré et de texte souligné doit être activé. Vous devriez également activer le paramètre Ouvrir automatiquement la fenêtre des commentaires pour les commentaires autres que les notes. Cela ouvrira une fenêtre contextuelle à chaque fois que vous mettrez du texte en surbrillance. Vous pourrez alors modifier le texte importé dans Docear.

En outre, vous devez modifier le paramètre suivant dans les préférences d'Adobe Acrobat. Si vous ne modifiez pas ce paramètre, vous ne pourrez pas créer d'annotation dans certains PDF (ceux au format PDF/A).

Mendeley Mendeley dispose d'une visionneuse PDF intégrée qui vous permet de mettre du texte en surbrillance et de créer des commentaires. Cependant, Mendeley enregistre les commentaires et le texte en surbrillance dans un format propriétaire qui ne peut pas être exporté vers un format PDF standard. Cela signifie que tous les commentaires que vous créez avec l'éditeur PDF Mendeley ne sont pas lisibles dans une autre visionneuse PDF. Vous pouvez demander (lien en anglais) à l'équipe de développement de Mendeley d'implémenter une fonctionnalité d’export de PDF correcte, mais il est peu probable que cela arrive rapidement. Par conséquent, si vous souhaitez utiliser Docear (ou toute visionneuse autre que Mendeley), vous ne devez pas utiliser la visionneuse PDF Mendeley. N'hésitez pas à lire notre Blog (lien en anglais) et notamment les commentaires pour obtenir plus d'informations.

La visionneuse PDF Foxit En temps normal, Foxit Reader est une visionneuse qui fonctionne parfaitement (elle crée des commentaires et des signets). Néanmoins, Docear ne parvient pas à importer le texte en surbrillance créé à partir de Foxit Reader. N'hésitez pas à demander (lien en anglais) aux développeurs de Foxit Reader d'améliorer leur lecteur afin que le texte en surbrillance soit copié dans un commentaire invisible.

Okular Nous ne savons pas si Okular fonctionne avec Docear. Nous avons essayé sous GNOME Linux, cela ne fonctionne pas. Cependant, de nombreux utilisateurs nous ont indiqué qu'Okular fonctionnait parfaitement avec KDE. (lien en anglais). Vous devez également employer la méthode d'export de PDF et écraser le PDF existant pour enregistrer les annotations correctement dans le PDF. Pour obtenir plus d’informations, consultez également notre forum et le forum superuser.com (liens en anglais).

Aperçu (Mac OS) Nous vous recommandons fortement de ne pas utiliser le logiciel Aperçu puisqu'il corrompt souvent les PDF. Par exemple, lorsque vous créez des annotations dans un PDF, il est probable qu'Aperçu change les identifiants des annotations voire qu'il les supprime. Aperçu supprime également les métadonnées XMP. Il existe également d'autres défauts (lien en anglais) qui peuvent entraîner la corruption des fichiers PDF. Veuillez noter que plusieurs utilisateurs ont signalé ces problèmes sur les forums d'Adobe (lien en anglais), et que nous les avons également reproduits. Donc, si vous souhaitez absolument utiliser Aperçu, sachez qu'il peut supprimer certaines de vos données (ID des annotations, métadonnées XPM...) et que Docear ne pourra donc pas importer les annotations ou les PDF plusieurs fois.

Skim Skim n'est pas compatible avec Docear car il ne conserve pas les annotations dans les fichiers au format PDF standard mais dans une base de données externe. Pour vérifier cela, envoyez votre fichier PDF par courrier électronique ou copiez-le sur un autre ordinateur. Skim ne permet pas d'afficher les annotations que vous avez créées sur votre machine d'origine. Un utilisateur nous a signalé une méthode pour contourner ce problème : 1. Créez des annotations/notes/surbrillances avec Skim dans un fichier au format PDF. 2. Exportez le fichier et choisissez l’option PDF, avec des notes intégrées. 3. Docear permet d'importer des annotations/notes/surbrillances. Skim permet de les modifier et de les afficher. 4. Cependant, les annotations ne sont plus modifiables dans Skim. Pour contourner ce problème à chaque fois que vous ouvrez le PDF avec Skim, choisissez l’option Fichier>Convertir des notes pour convertir des notes PDF en notes Skim. La fonctionnalité de dépannage de l’accès à la page souhaitée ne fonctionne pas, mais ne me semble pas indispensable. Notez que nous ne n'avons pas encore testé cette méthode. Si vous avez déjà utilisé Skim, veuillez nous le faire savoir et n'oubliez pas que vos annotations risquent d’être totalement désorganisées lorsque vous utilisez Skim et Docear.

Lecteurs PDF pour Android Nous n'avons testé aucun lecteur PDF pour Android. Certains utilisateurs ont signalé que RepliGo permettait de lire des PDF et de créer des annotations qui pouvaient être importées dans Docear. Cependant, RepliGo n'est plus commercialisé et n'est plus disponible sur l'Android Market. Si vous avez déjà utilisé des lecteurs PDF sur Android, veuillez nous le faire savoir.

Ajustements mineurs et résolution des problèmes

Répertoire utilisateur La plupart des données importantes de Docear telles que les fichiers journaux, les sauvegardes et les paramètres spécifiques à l'utilisateur et à l'espace de travail sont enregistrés dans Windows : C:\Utilisateurs\\.docear Linux : ~/.docear/ Mac : /Utilisateurs//.docear/

Pour ouvrir le dossier vous pouvez également cliquer sur l'icône « Open User Directory » (Ouvrir le répertoire utilisateur) dans le ruban « Tools and settings » (Outils et paramètres).

Fichiers journaux Docear enregistre toutes les erreurs. Pour ouvrir le dossier qui contient les fichiers journaux, dans le menu de Ruban Help (Aide), choisissez l’option Show system log (Afficher le journal système). Si Docear ne démarre pas, vous pouvez retrouver le dossier journal dans \logs\. Veuillez toujours envoyer vos fichiers journaux lorsque vous signalez une erreur.

Suppression de paramètres Si Docear ne fonctionne plus correctement, vous pouvez essayer d'effacer tous les paramètres. Pour ce faire, sélectionnez « Open User Directory » (Ouvrir le répertoire utilisateur) dans les rubans, fermez Docear, puis supprimez le contenu du dossier qui vient de s'ouvrir. Sinon, utilisez un gestionnaire de fichiers (par exemple, Windows Explorer) et supprimez tous les fichiers contenus dans le (effectuez une sauvegarde, juste au cas où). La suppression de ce dossier ne supprimera pas vos cartes heuristiques, ni vos PDF, ni vos références (sauf si vos cartes heuristiques ou autres ont été explicitement conservées dans le répertoire utilisateur, ce que vous ne devriez faire en aucun cas).

Lors du démarrage suivant de Docear, il fonctionnera aussi bien que lors de son installation étant donné que tous les paramètres auront été effacés. Pour travailler avec vos précédents projets, suivez les instructions affichées sur l'écran et importez vos ou votre précédents projets.

Options de récupération des données

Veuillez prendre connaissance de la rubrique J'ai perdu ma carte heuristique. Comment puis-je la rétablir/récupérer ? (lien en anglais) de la F.A.Q.

Modification du chemin des paramètres/Rendre Docear portable Par défaut, Docear conserve ses paramètres dans un chemin de ce type : C:\Utilisateurs\\.docear\. Cela signifie que, si vous exécutez Docear, par exemple, depuis une clé USB, et que vous démarrez Docear sur un autre ordinateur, Docear ne pourra pas trouver ce chemin et vous redemandera vos données de connexion, le répertoire du projet, etc. Si vous souhaitez disposer d'une version portable de Docear, par exemple, pour conserver vos paramètres sur votre clé USB, il existe éventuellement une solution. Ouvrez le fichier « docear.bat » dans un éditeur de texte, puis ajoutez la chaîne « Dorg.freeplane.userfpdir=.\.docear ». Pour démarrer Docear, double-cliquez sur docear.bat. Désormais, tous vos paramètres seront conservés dans le même dossier dans lequel se trouve votre fichier docear.bat. Cependant, notez que le chemin de vos projets est un chemin absolu et non un chemin relatif à votre fichier de paramètres. Cela risque de causer des problèmes.

Déplacement (replacement) d’un projet Si vous souhaitez déplacer un projet d’un espace d’enregistrement (par exemple, C:\mes fichiers\) vers un autre (par exemple, C:\dropbox\), réalisez les opérations suivantes : Ouvrez le répertoire de votre projet dans un explorateur de fichiers (par exemple, Windows Explorer). Si vous ne vous rappelez pas du répertoire racine, lancez Docear, cliquez avec le bouton droit de la souris sur le projet correspondant dans le panneau de l'espace de travail et sélectionnez Open Location (Ouvrir l’emplacement).

Lorsque vous choisissez l’option de menu Open Location (Ouvrir l'emplacement), l'explorateur de fichiers par défaut ouvre le répertoire du projet, qui peut ressembler à ceci :

Supprimez ensuite le projet de l'espace de travail Docear, soit à partir du menu de ruban, soit avec le bouton droit de la souris (ne fermez pas l'explorateur de fichiers) :

Remarque : la suppression du projet de votre panneau d’espace de travail ne permet pas de supprimer des fichiers. Sélectionnez ensuite dans l’explorateur tous les fichiers et dossiers du répertoire de votre projet et déplacez-les vers le nouveau répertoire du projet (par exemple, C:\dropbox\partage avec bob\nouvel article\). Enfin, choisissez l’option Import project (Importer projet), puis, dans l'écran d'importation, sélectionnez le nouvel emplacement pour votre projet (par exemple, C:\dropbox\partage avec bob\nouvel article\). Voilà, vous pouvez maintenant accéder à votre projet avec Docear comme auparavant. Bien entendu, au lieu de déplacer vos fichiers, vous pouvez également les copier si vous souhaitez partager le projet en cours avec un collègue (ou l'équipe de support Docear) sans que les modifications de votre collègue n'affectent les fichiers d'origine.

Fichiers de configuration de Docear Si vous avez déplacé vos données vers un autre ordinateur, si vous souhaitez déplacer vos fichiers PDF vers un autre dossier, si vous avez renommé certains dossiers (qui contiennent, par exemple, vos fichiers PDF ou vos cartes heuristiques) ou si vous avez effectué d'autres opérations sur votre ordinateur et que Docear ne fonctionne plus, les informations suivantes peuvent vous être utiles. Toutefois, si vous n'êtes pas un adepte de l’informatique, que vous ne maîtrisez pas le langage XML et que vous n'avez jamais modifié auparavant de fichiers de configuration dans un éditeur de texte, vous devriez sans doute arrêter de lire cette section et nous laisser travailler pour vous (lien en anglais). Peu importe votre problème : faites une copie de sauvegarde de vos fichiers avant de les modifier ! L'illustration ci-dessous représente une capture d'écran de Docear et de quelques fichiers importants ouverts dans un éditeur de texte. Vous devriez agrandir l'image (dans une nouvelle fenêtre de votre navigateur) pour suivre les explications qui suivent (faites un clic droit sur l'image et choisissez Ouvrir dans un nouvel onglet).

Cliquez pour agrandir

L'espace de travail Le panneau de votre espace de travail Docear récapitule la liste de tous vos projets. Toutes les informations qui sont affichées se trouvent dans deux fichiers texte que vous pouvez ouvrir et modifier avec n'importe quel éditeur de texte (par exemple, le bloc-notes de Windows ou Notepad++, que nous vous recommandons). 1. Le fichier user.settings Ce fichier définit les projets qui s’affichent dans votre espace de travail. Si vous souhaitez déplacer un projet sur votre disque dur, vous devez modifier ce fichier. Vous pouvez le trouver dans /Utilisateurs//user.settings (lien en anglais). Dans le fichier user.settings, vous devez définir/modifier l'identifiant du projet et le répertoire de projet de vos projets, par exemple : 14738CA52AB1V08PK0OVZVMWDA5GVIV8DC1=file\:/C\:/Utilisateurs/admin/Docea r/projets/test%20project. Tous les projets qui doivent figurer dans le panneau de l'espace de travail doivent être ensuite répertoriés sur la ligne : org.freeplane.plugin.workspace.mindmapmode.model.projects=, , ..., En d'autres termes, si vous souhaitez déplacer un projet sur votre disque dur, vous devez modifier le chemin du projet et remplacer par exemple ...file\:/C\:/Utilisateurs/admin/Docear/projets/test%20projet par file\:/C\:/mon nouveau chemin/test%20projet 2. Le fichier settings.xml Chaque projet possède un fichier settings.xml qui se trouve dans le dossier

/_data//settings.xml. Ce fichier contient l'identifiant du projet, le nom du projet et tous les fichiers qui figurent dans le panneau de l'espace de travail pour un projet donné (par exemple, tous les fichiers de la bibliothèque de projet). Tous les liens du fichier settings.xml sont relatifs à un projet donné. Cela signifie, par exemple, que le chemin d'accès à la carte heuristique literature & annotations (documentation et annotations) sera généralement : project:///_données//fichiers_par_défaut/literature_and_annotations.mm. Si vous avez modifié des chemins d'accès sur votre ordinateur, par exemple si vous avez renommé un dossier qui contient des cartes heuristiques ou des fichiers PDF, vous devez corriger en conséquence les chemins d'accès dans le fichier settings.xml. Par exemple, vous souhaitez modifier le chemin d'accès de votre dossier de ressources documentaires qui était : path="file:/C:/Utilisateurs/admin/Docear/projets/test%20projet/literature_repository" par : path="file/C:/Utilisateurs/admin/Docear/projets/test%20projet/_mynew_literature_repository" Si vous avez modifié le chemin d'accès de votre dossier de ressources documentaires, il faut également impérativement corriger le chemin d'accès aux cartes heuristiques (voir section suivante).

Les cartes heuristiques Les cartes heuristiques sont enregistrées en tant que fichiers XML que vous pouvez modifier avec un éditeur de texte. Il est important que l'identifiant du projet qui se trouve dans la carte heuristique (voir capture d'écran, première ligne de la carte heuristique dans l'éditeur de texte) soit le même que l’identifiant défini dans settings.xml et user.settings. Il est également important que tous les chemins d'accès aux fichiers PDF (et autres fichiers) contiennent le même identifiant de projet. Par exemple, si la première ligne d'une carte heuristique affiche :